Estandarización de la amplificación de una región codificante de APOL1 mediante RT-PCR en líneas celulares humanas.
DOI:
https://doi.org/10.62954/zm7bdn22Palabras clave:
APOL1, Enfermedad renal crónica, RT-PCR, Variantes de riesgoResumen
La enfermedad renal crónica (ERC) representa un creciente problema de salud pública en México, donde su etiología involucra factores metabólicos, ambientales y genéticos. Entre estos últimos, las variantes del gen APOL1 se han asociado con un mayor riesgo de desarrollar ERC en poblaciones con ascendencia africana; sin embargo, su caracterización en poblaciones latinoamericanas continúa siendo limitada. El objetivo de este estudio fue estandarizar una estrategia molecular basada en ARN mensajero de APOL1 para la amplificación de una región codificante de APOL1 que contiene las variantes de riesgo G1 y G2 y su caracterización mediante secuenciación Sanger. Se diseñó un par de oligonucleótidos dirigidos a una región codificante del exón 7 de APOL1, correspondiente al dominio IV de la proteína. Se optimizaron las condiciones de amplificación mediante RT-PCR utilizando ARN total obtenido de cuatro líneas celulares humanas, HaCaT, HeLa, SW-480, C33A, empleadas como modelo biológico para la estandarización técnica. Los amplicones obtenidos (203 pb) fueron analizados mediante secuenciación Sanger para verificar la identidad de la región amplificada.
La amplificación del fragmento esperado (203 pb) se obtuvo de manera reproducible en las líneas celulares evaluadas. La secuenciación confirmó la identidad del amplicón obtenido y los análisis bioinformáticos complementarios (BLASTN, Primer-BLAST, In-Silico PCR y dbSNP) respaldaron la evaluación de la especificidad del par de oligonucleótidos diseñados para la región blanco de APOL1. No se identificaron cambios nucleotídicos correspondientes a las variantes de riesgo G1 y G2 en las secuencias analizadas, resultado consistente con el modelo biológico utilizado.
Esta metodología constituye una aproximación analítica preliminar para la amplificación y caracterización molecular de una región de APOL1 que alberga las variantes de riesgo G1/G2 y proporciona una base metodológica para futuros estudios orientados a completar la validación analítica del método mediante la incorporación de controles positivos y muestras clínicas previamente caracterizadas.
Referencias
1. Johnson HN, Prasad-Reddy L. Updates in chronic kidney disease. J Pharm Pract. 2024;37(6):1380-1390. https://doi.org/10.1177/08971900241262381.
2. Grams ME, Melamed ML. Chronic kidney disease. Ann Intern Med. 2025;178(9). https://doi.org/10.7326/ANNALS-25-02684.
3. Argaiz ER, Morales-Juárez L, Razo C, Ong L, Rafferty Q, Rincón-Pedrero R, et al. La carga de enfermedad renal crónica en México. Análisis de datos basado en el estudio Global Burden of Disease 2021. Gac Med Mex. 2023;159(6):501-508. https://doi.org/10.24875/GMM.23000393.
4. Centro Nacional de Excelencia Tecnológica en Salud (CENETEC). Prevención, diagnóstico y tratamiento de la enfermedad renal crónica: guía de evidencias y recomendaciones. México: CENETEC; 2019. Disponible en: http://imss.gob.mx/profesionales-salud/gpc
5. Cortés-Sanabria L, Álvarez-Santana G, Orozco-González CN, Soto-Molina H, Martínez-Ramírez HR, Cueto-Manzano AM. Impacto económico de la enfermedad renal crónica: perspectiva del Instituto Mexicano del Seguro Social. Rev Med Inst Mex Seguro Soc. 2017;55(Suppl 2).
6. Stevens PE, Ahmed SB, Carrero JJ, Foster B, Francis A, Hall RK, et al. KDIGO 2024 Clinical Practice Guideline for the Evaluation and Management of Chronic Kidney Disease. Kidney Int. 2024;105(4 Suppl). https://doi.org/10.1016/j.kint.2023.10.018.
7. Abdissa D. Purposeful review to identify risk factors, epidemiology, clinical features, treatment and prevention of chronic kidney disease of unknown etiology. Int J Nephrol Renovasc Dis. 2020;13:367-377. https://doi.org/10.2147/IJNRD.S283161.
8. Chen S, Chen L, Jiang H. Prognosis and risk factors of chronic kidney disease progression in patients with diabetic kidney disease and non-diabetic kidney disease: a prospective cohort CKD-ROUTE study. Ren Fail. 2022;44(1):1309-1318. https://doi.org/10.1080/0886022X.2022.2106872.
9. Friedman DJ, Pollak MR. APOL1 and kidney disease: from genetics to biology. Annu Rev Physiol. 2020;82:323-342. https://doi.org/10.1146/annurev-physiol-021119-034345.
10. Hopper T, Olabisi OA. APOL1-mediated kidney disease. JAMA. 2024;331(19):1668-1669. https://doi.org/10.1001/jama.2024.2667.
11. Kramer HJ, Stilp AM, Laurie CC, Reiner AP, Lash J, Daviglus ML, et al. African ancestry-specific alleles and kidney disease risk in Hispanics/Latinos. J Am Soc Nephrol. 2017;28(3):915-922. https://doi.org/10.1681/ASN.2016030357.
12. Pays E, Vanhollebeke B, Uzureau P, Lecordier L, Perez-Morga D. The molecular arms race between African trypanosomes and humans. Nat Rev Microbiol. 2014;12(8):575-584. https://doi.org/10.1038/nrmicro3298.
13. Sohail M, Palma-Martínez MJ, Chong AY, Quinto-Cortés CD, Barberena-Jonas C, Medina-Muñoz SG, et al. Mexican Biobank advances population and medical genomics of diverse ancestries. Nature. 2023;622(7984):775-783. https://doi.org/10.1038/s41586-023-06560-0.
14. Levey AS, Stevens LA, Schmid CH, Zhang YL, Castro AF 3rd, Feldman HI, et al. A new equation to estimate glomerular filtration rate. Ann Intern Med. 2009;150(9):604-612. https://doi.org/10.7326/0003-4819-150-9-200905050-00006.
15. Delgado C, Baweja M, Burrows NR, Crews DC, Eneanya ND, Gadegbeku CA, et al. Reassessing the inclusion of race in diagnosing kidney diseases: an interim report from the NKF-ASN Task Force. Am J Kidney Dis. 2021;78(1):103-115. https://doi.org/10.1053/j.ajkd.2021.03.008.
16. Inker LA, Eneanya ND, Coresh J, Tighiouart H, Wang D, Sang Y, et al. New creatinine- and cystatin C-based equations to estimate GFR without race. N Engl J Med. 2021;385(19):1737-1749. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2102953.
17. Freedman BI, Limou S, Ma L, Kopp JB. APOL1-associated nephropathy: a key contributor to racial disparities in CKD. Am J Kidney Dis. 2018;72(5 Suppl 1). https://doi.org/10.1053/j.ajkd.2018.06.020.
18. Genovese G, Friedman DJ, Ross MD, Lecordier L, Uzureau P, Freedman BI, et al. Association of trypanolytic ApoL1 variants with kidney disease in African Americans. Science. 2010;329(5993):841-845. https://doi.org/10.1126/science.1193032.
19. Tzur S, Rosset S, Shemer R, Yudkovsky G, Selig S, Tarekegn A, et al. Missense mutations in the APOL1 gene are highly associated with end-stage kidney disease risk previously attributed to MYH9. Hum Genet. 2010;128(3):345-350. https://doi.org/10.1007/s00439-010-0861-0.
20. Boukamp P, Petrussevska RT, Breitkreutz D, Hornung J, Markham A, Fusenig NE. Normal keratinization in a spontaneously immortalized aneuploid human keratinocyte cell line. J Cell Biol. 1988;106(3):761-771. https://doi.org/10.1083/jcb.106.3.761.
21. Wildy P, Stoker M. Multiplication of solitary HeLa cells. Nature. 1958;181(4620):1407-1408. https://doi.org/10.1038/1811407a0.
22. Shi ZR, Tsao D, Kim YS. Subcellular distribution, synthesis, and release of carcinoembryonic antigen in cultured human colon adenocarcinoma cell lines. Cancer Res. 1983;43(9):4045-4049.
23. Crook T, Wrede D, Vousden KH. p53 point mutation in HPV-negative human cervical carcinoma cell lines. Oncogene. 1991;6(5):873-875.
24. Hall TA. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symp Ser. 1999;41:95-98.
25. Landry JJ, Pyl PT, Rausch T, Zichner T, Tekkedil MM, Stutz AM, et al. The genomic and transcriptomic landscape of a HeLa cell line. G3 (Bethesda). 2013;3(8):1213-1224. https://doi.org/10.1534/g3.113.005777.
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